#NEXUS

[This data set consists of four loci across six yeast species as reported in Gianni Liti, David B. H. Barton, and Edward J. Louis. Sequence Diversity, Reproductive Isolation and Species Concepts in Saccharomyces
    Genetics 2006 174: 839-850.]

[Comments by Johan Nylander 06/08/2008 01:02:27 AM CEST]

[All comments are within square brackets, and will not be read by MrBayes]

[Beginning of the DATA block. Contains information about the sequences and their labels (i.e., "taxon names").]
BEGIN DATA;
	DIMENSIONS NTAX=22 NCHAR=7428;
	FORMAT DATATYPE=DNA MISSING=? GAP=-;
    MATRIX
    DBVPG1135_Italy          ---ATGGATTCTGAGTTGAAAGGGCAGCAGCTAAGTGATGCAGAATGGTGTATTAAAAAAATTATTGGTGAGGGAAATTGTCTCCTATTATTTCTACCGATGTCATCTCCAACCACAATTGTAATGATTGTTTTAGTTTCCTTGGAGCGCTTAGTTCCCTACGTTTTCAAACTTTCACAAACTCAATTATCACAGCAATGCCAGAGCCAAGGTTTTACGGATAGTATATCATTAAATCTAATTAAACTAAAACTAATGGACATTCTACAAGCTCCTCAAGAAATTAACCAAATTGGATTGGTAGATTCAAATTTGGTTTTTAGTTTCGATGTATCTGCGGATATTACAGTTTCCATAAATAGCGTACCTTCACATGTTACTAAGGATATGTTCTATATGATTTTGCAAAGTTTATGTATGCTTTTATTAAAATTGGTAAACCTTTCCACCCAATACCACTATGTACAACGGGATATTTTGAATCAAAAGCAAAAATGCTTAGATTTTCTTTTAATTTCTCTTCGTGATTTAGACGGTGGGAGTAAAGTTATCAGTCAATGGGCTCCTGAAAATTCTAAGAACTATGAATCTCTGCAGCAATGCACAGACGATGACATAATCAAAAAATTACTACATAAAGGAAAATTCCAGCATCAAGAATTTCTGGCGGACTCATTGAAAACATTATTATCTTTTAGAAACAAATTTCAAGATGTGTCGCGGTTTGAAGAATCTGGAGAACTTAACGAAAAAGAGCGCGTCAGATTTCCTGCGGTGAATCATTTTTATAATGATGATT---TTGAATTGCAAGTAGACCCTACAAATGAGGCTCGACCAAATAG---CTGCGGTAAAATTAAACC-----AAAGACA-GATTTCAAGCCAAAATCTAGAGAAAGTAGTACCAGTTCGCAACTTCGCCTGGAGAATTTTTCTGAATCTGAGGCTACA---CCAGAAAAAACAAAATCAAGTTCTTCT---TTGGTCGAAGAATACCCACAGAAAAAAAGAAAATTTGGAAAGGTGAGA---------------ATAAAAAAC---------TAAT------------TCGAGTTCATTCAAGACAAGCTTGACATTGATCTACAGACCAACAGTACTTACAAAGAAAATTTAAAATGTGGTCACTTCAATGGCCTCGATGAAATTCTAACTACGTGTTTCGCACTACCAAATTCAAGAAAAATAGCATTACCATGCCTTCCTGGTGACTTAAGCCACAAAGCAGTCATTGATCACTGCATCATTTACCTGTTGACGGGCGAATTATATAACAACGTACTAACATTTGGCTATAAAATAGCTAGAAATGAAGATGTCAACAATAGTCTTTTTTGCCATTCTGCAAATGTTAACGTTACGTTACTGAAAGGCGCTGCTTGGAAAATGTTCCACAGTTTGGTCGGTACATACGCATTCGTTGATTTATTGATCAATTATACAGTAATTCAATTTAATGGGCAGTTTTTCACCCAAATCGTGGGTAACAGATGTAACGAACCTCATCTGCCGCCCAAATGGGCTCAACGATCATCCTCATCATCCGCAACTGCTGCGCAAATCAAACAACTTACAGAACCAGTGACAAATAAACAATTCTTACACAAGCTCAATATAAATTCCTCTTCTTTTTTTCCTTATAGCAAGATCCTTCCTTCATCATCATCTATCAAAAAGCTAACTGACTTGAGAAAAGCTATTTTTCCCACAAATTTGGTTAAAATTCCTCAGAGACTAAAGGTACGAATGAATTTGACGCTGCAAAAGCTATTAAAGAGACATAAGCGTTTGAATTACGTTTCTATTTTGAATAGTATTTGCCCACCATTGGAAGGGACCGTATTGGACTTGTCGCATTTGAGTAGACAATCACCAAAGGAACGAGTCTTGAAATTTATCATTGTTATTTTACAGAAGTTATTACCCCAAGAAATGTTTGGCTCAAAGAAAAATAAAGGAAAAATTATCAAGAATCTAAATCTTTTATTAAGTTTACCCTTAAATGGCTATTTACCATTTGATAGTTTGTTGAAAAAGTTAAGATTAAAGGATTTTCGGTGGTTGTTCATTTCTGATATTTGGTTCACCAAGCACAATTTTGAAAACTTGAATCAATTGGCGATTTGTTTCATTTCCTGGCTATTTAGACAACTAATTCCCAAAATTATACAGACTTTTTTTTACTGCACCGAAATATCTTCTACAGTGACAATTGTTTACTTTAGACATGATACTTGGAATAAACTTATCACCCCTTTTATCGTAGAATATTTTAAGACGTACTTAGTCGAAAACAACGTATGTAGAAACCATAATAGTTACACGTTGTCCAATTTCAATCATAGCAAAATGAGGATTATACCAAAAAAAAGTAATAATGAGTTCAGGATTATTGCCATCCCATGCAGAGGGGCAGACGAAGAAGAATTCACAATTTATAAGGAGAATCACAAAAATGCTATCCAGCCCACTCAAAAAATTTTAGAATACCTAAGAAACAAAAGGCCGACTAGTTTTACTAAAATATATTCTCCAACGCAAATAGCTGACCGTATCAAAGAATTTAAGCAGAGACTTTTAAAGAAATTTAATAATGCCTTACCAGAGCTTTATTTCATGAAATTTGATGTCAAATCTTGCTATGATTCCATACCAAGGATGGAATGTATGAGGATACTCAAGGATGCGCTAAAAAATGAAAATGGGTTTTTCGTTAGATCTCAATATTTCTTCAATACCAATACAGGTGTATTGAAGTTATTTAATGTTGTTAACGCTAGCAGAGTACCAAAACCTTATGAGCTATACATAGATAATGTGAGGACGGTTCATTTATCAAATCAGGATGTTATAAACGTTGTAGAGATGGAAATATTTAAAACAGCTTTGTGGGTTGAAGATAAGTGCTACATTAGAGAAGATGGTCTTTTTCAGGGCTCTAGTTTATCTGCTCCGATCGTTGATTTGGTGTATGACGATCTTCTGGAGTTTTATAGCGAGTTTAAAGCCAGTCCTAGCCAGGACACATTAATTTTAAAACTGGCTGACGATTTCCTTATAATATCAACAGACCAACAGCAAGTGATCAATATCAAAAAGCTTGCCATGGGCGGATTTCAGAAATATAATGCGAAAGCCAATAGAGACAAAATTTTAGCCGTAAGCTCCCAATCAGATGATGATACGGTTATTCAATTTTGTGCAATGCACATATTTGTTAAAGAATTGGAAGTTTGGAAACATTCAAGCACAATGAATAATTTCCATATCCGTTCGAAATCTAGTAAAGGGATATTTCGAAGTTTAATAGCGCTGTTTAACACTAGAATCTCCTATAAAACAATTGACACAAATTTAAATTCAACAAACACCGTTCTCATGCAAATTGATCATGTTGTAAAGAACATTTCGGAATGTTATAAATCTGCTTTTAAGGATCTATCAATTAATGTTACGCAAAATATGCAATTTCATTCGTTCTTACAACGCATCATTGAAATGACAGTCAGCGGTTGTCCAATTACGAAATGTGATCCTTTAATCGAGTATGAGGTACGATTCACCATATTGAATGGATTTTTGGAAAGCCTATCTTCAAACACATCAAAATTTAAAGATAATATCATTCTTTTGAGAAAGGAAATTCAACACTTGCAAGCATATATATATATATAT----ACATATAGTT--AAATGCGCTCAGTCACTAATGCATTTGGCAATAGTGGAGAACTTAACGATCAAGTGGATGAAACAGGTTATAGGAAGTTTGATATCCATGAAGGAATTTTGTTTTGCATTGAACTATCAGAGACAATGTTTAAAGAGTCCTCTGATCTAGAGTATAAATCACCATTGTTGGAAATTCTGGAATCACTAGATGAGCTAATGTCACAATTGGTCATAACAAGACCTGGGACAGCTATTGGTTGCTATTTTTATTACTGTAACAGAGAGGATGCCAAGGAAGGTATCTATGAACTTTTTCCATTAAGGGATATAAATGCTACATTTATGAAGAAATTGAACGATCTTTTAGAAGATTTATCATCGGGGAGAATAAGCCTATACGATTATTTTATGTTTCAACAAACTGGGAGTGAAAAGCAAGTGCGCTTATCTGTATTATTCACATTCATGCTTGACACTTTTTTGGAAGAGATTCCGGGTCAAAAGCAATTAAGCAACAAGAGAGTGTTCTTATTCACTGACATTGATAAACCACAAGAGGCGCAAGATATCGATGAACGGGCAAGATTGAGAAGGCTTACAATTGATTTATTTGATAACAAAGTGAATTTTGCAACTTTTTTTATTGGCTATGCCGATAAACCATTTGACAACGAGTTTTATTCGGACATACTGCAGTTGGGTTCACATACAAATGAGAATACTGGTTTGGATTCTGAATTTGATGGTCCAAGTACAAAGCCTATAGATGCTAAATACATCAAGTCCAGAATCCTAAGGAAAAAGGAGGTAAAGAGGATAATGTTTCAATGTCCATTAATCTTGGATGAGAAAACAAATTTTATAGTCGGAGTCAAGGGTTACACTATGTATACCCATGAAAAAGCTGGAGTCAGGTATAAACTTGTTTATGAGCATGAAGATATCAGACAAGAAGCATATTCAAAAAGAAAATTTTTAAATCCTATAACAGGAGAAGACGTTACTGGTAAAACTGTCAAGGTTTATCCTTATGGTGACCTCGATATCAATCTATCAGATAGTCAAGATCAGATAGTAATGGAGGCTTATACTCAAAAAGATGCGTTTTTGAAGATTATTGGGTTCCGTTCATCGAGCAAATCGATACACTATTTCAATAACATAGACAAAAGTTCGTTTATCGTACCAGATGAAGCAAAATATGAAGGTTCGATAAGAACCTTGGCTTCTTTATTAAAAATTTTGAGAAAAAAAGATAAAATTGCAATATTATGGGGGAAGCTTAAATCAAA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 
    DBVPG1378_Italy          ---ATGGATTCTGAGTTGAAAGGGCAGCAGCTAAGTGATGCAGAATGGTGTATTAAAAAAATTATTGGTGAGGGAAATTGTCTCCTATTATTTCTACCGATGTCATCTCCAACCACAATTGTAATGATTGTTTTAGTTTCCTTGGAGCGCTTAGTTCCCTACGTTTTCAAACTTTCACAAACTCAATTATCACAGCAATGCCAGAGCCAAGGTTTTACGGATAGTATATCATTAAATCTAATTAAACTAAAACTAATGGACATTCTACAAGCTCCTCAAGAAATTAACCAAATTGGATTGGTAGATTCAAATTTGGTTTTTAGTTTCGATGTATCTGCGGATATTACAGTTTCCATAAATAGCGTACCTTCACATGTTACTAAGGATATGTTCTATATGATTTTGCAAAGTTTATGTATGCTTTTATTAAAATTGGTAAACCTTTCCACCCAATACCACTATGTACAACGGGATATTTTGAATCAAAAGCAAAAATGCTTAGATTTTCTTTTAATTTCTCTTCGTGATTTAGACGGTGGGAGTAAAGTTATCAGTCAATGGGCTCCTGAAAATTCTAAGAACTATGAATCTCTGCAGCAATGCACAGACGATGACATAATCAAAAAATTACTACATAAAGGAAAATTCCAGCATCAAGAATTTCTGGCGGACTCATTGAAAACATTATTATCTTTTAGAAACAAATTTCAAGATGTGTCGCGGTTTGAAGAATCTGGAGAACTTAACGAAAAAGAGCGCGTCAGATTTCCTGCGGTGAATCATTTTTATAATGATGATT---TTGAATTGCAAGTAGACCCTACAAATGAGGCTCGACCAAATAG---CTGCGGTAAAATTAAACC-----AAAGACA-GATTTCAAGCCAAAATCTAGAGAAAGTAGTACCAGTTCGCAACTTCGCCTGGAGAATTTTTCTGAATCTGAGGCTACA---CCAGAAAAAACAAAATCAAGTTCTTCT---TTGGTCGAAGAATACCCACAGAAAAAAAGAAAATTTGGAAAGGTGAGA---------------ATAAAAAAC---------TAA--------------------CATTCAAGACAAGCTTGACATTGATCTACAGACCAACAGTACTTACAAAGAAAATTTAAAATGTGGTCACTTCAATGGCCTCGATGAAATTCTAACTACGTGTTTCGCACTACCAAATTCAAGAAAAATAGCATTACCATGCCTTCCTGGTGACTTAAGCCACAAAGCAGTCATTGATCACTGCATCATTTACCTGTTGACGGGCGAATTATATAACAACGTACTAACATTTGGCTATAAAATAGCTAGAAATGAAGATGTCAACAATAGTCTTTTTTGCCATTCTGCAAATGTTAACGTTACGTTACTGAAAGGCGCTGCTTGGAAAATGTTCCACAGTTTGGTCGGTACATACGCATTCGTTGATTTATTGATCAATTATACAGTAATTCAATTTAATGGGCAGTTTTTCACTCAAATCGTGGGTAACAGATGTAACGAACCTCATCTGCCGCCCAAATGGGCTCAACGATCATCCTCATCATCCGCAACTGCTGCGCAAATCAAACAACTTACAGAACCAGTGACAAATAAACAATTCTTACACAAGCTCAATATAAATTCCTCTTCTTTTTTTCCTTATAGCAAGATCCTTCCTTCATCATCATCTATCAAAAAGCTAACTGACTTGAGAGAAGCTATTTTTCCCACAAATTTGGTTAAAATTCCTCAGAGACTAAAAATACGAATGAATTTGACGCTGCAAAAGCTATTAAAGAGACATAAGCGTTTGAATTACGTTTCTATTTTGAATAGTATTTGCCCACCATTGGAAGGGACCGTATTGGACTTGTCGCATTTGAGTAGACAATCACCAAAGGAACGAGTCTTGAAATTTATCATTGTTATTTTACAGAAATTATTACCCCAAGAAATGTTTGGCTCAAAGAAAAATAAAGGAAAAATTATCAAGAATCTAAATCTTTTATTAAGTTTACCCTTAAATGGCTATTTACCATTTGATAGTTTGTTGAAAAAGTTAAGATTAAAGGATTTTCGGTGGTTGTTCATTTCTGATATTTGGTTCACCAAGCACAATTTTGAAAACTTGAATCAATTGGCGATTTGTTTCATTTCCTGGCTATTTAGACAACTAATTCCCAAAATTATACAGACTTTTTTTTACTGCACCGAAATATCTTCTACAGTGACAATTGTTTACTTTAGACATGATACTTGGAATAAACTTATCACCCCTTTTATCGTAGAATATTTTAAGACGTACTTAGTCGAAAACAACGTATGTAGAAACCATAATAGTTACACGTTGTCCAATTTCAATCATAGCAAAATGAGGATTATACCAAAAAAAAGTAATAATGAGTTCAGGATTATTGCCATCCCATGCAGAGGGGCAGACGAAGAAGAATTCACAATTTATAAGGAAAATCACAAAAATGCTATCCAGCCCACTCAAAAAATTTTAGAATACCTAAGAAACAAAAGGCCGACTAGTTTTACTAAAATATATTCTCCAACGCAAATAGCTGACCGTATCAAAGAATTTAAGCAGAGACTTTTAAAGAAATTTAATAATGCCTTACCAGAGCTTTATTTCATGAAATTTGATGTCAAATCTTGCTATGATTCCATACCAAGGATGGAATGTATGAGGATACTCAAGGATGCGCTAAAAAATGAAAATGGGTTTTTCGTTAGATCTCAATATTTCTTCAATACCAATACAGGTGTATTGAAGTTATTTAATGTTGTTAACGCTAGCAGAGTACCAAAACCTTATGAGCTATACATAGATAATGTGAGGACGGTTCATTTATCAAATCAGGATGTTATAAACGTTGTAGAGATGGAAATATTTAAAACAGCTTTGTGGGTTGAAGATAAGTGCTACATTAGAGAAGATGGTCTTTTTCAGGGCTCTAGTTTATCTGCTCCGATCGTTGATTTGGTGTATGACGATCTTCTGGAGTTTTATAGCGAGTTTAAAGCCAGTCCTAGCCAGGACACATTAATTTTAAAACTGGCTGACGATTTCCTTATAATATCAACAGACCGACAGCAAGTGATCAATATCAAAAAGCTTGCCATGGGCGGATTTCAGAAATATAATGCGAAAGCCAATAGAGACAAAATTTTAGCCGTAAGCTCCCAATCAGATGATGATACGGTTATTCAATTTTGTGCAATGCACATATTTGTTAAAGAATTGGAAGTTTGGAAACATTCAAGCACAATGAATAATTTCCATATCCGTTCGAAATCTAGTAAAGGGATATTTCGAAGTTTAATAGCGCTGTTTAACACTAGAATCTCCTATAAAACAATTGACACAAATTTAAATTCAACAAACACCGTTCTCATGCAAATTGATCATGTTGTAAAGAACATTTCGGAATGTTATAAATCTGCTTTTAAGGATCTATCAATTAATGTTACGCAAAATATGCAATTTCATTCGTTCTTACAACGCATCATTGAAATGACAGTCAGCGGTTGTCCAATTACGAAATGTGATCCTTTAATCGAGTATGAGGTACGATTCACCATATTGAATGGATTTTTGGAAAGCCTATCTTCAAACACATCAAAATTTAAAGATAATATCATTCTTTTGAGAAAGGAAATTCAACACTTGCAAGCATATATATATATATAC----ATATA--------GATGCGCTCAGTCACTAATGCATTTGGCAATAGTGGAGAACTTAACGATCAAGTGGATGAAACAGGTTATAGGAAGTTTGATATCCATGAAGGAATTTTGTTTTGCATTGAACTATCAGAGACAATGTTTAAAGAGTCCTCTGATCTAGAGTATAAATCACCATTGTTGGAAATTCTGGAATCACTAGATGAGCTAATGTCACAATTGGTCATAACAAGACCTGGGACAGCTATTGGTTGCTATTTTTATTACTGTAACAGAGAGGATGCCAAGGAAGGTATCTATGAACTTTTTCCATTAAGGGATATAAATGCTACATTTATGAAGAAATTGAACGATCTTTTAGAAGATTTATCATCGGGGAGAATAAGCCTATACGATTATTTTATGTTTCAACAAACTGGGAGTGAAAAGCAAGTGCGCTTATCTGTATTATTCACATTCATGCTTGACACTTTTTTGGAAGAGATTCCGGGTCAAAAGCAATTAAGCAACAAGAGAGTGTTCTTATTCACTGACATTGATAAACCACAAGAGGCGCAAGATATCGATGAACGGGCAAGATTGAGAAGGCTTACAATTGATTTATTTGATAACAAAGTGAATTTTGCAACTTTTTTTATTGGCTATGCCGATAAACCATTTGACAACGAGTTTTATTCGGACATACTGCAGTTGGGTTCACATACAAATGAGAATACTGGTTTGGATTCTGAATTTGATGGTCCAAGTACAAAGCCTATAGATGCTAAATACATCAAGTCCAGAATCCTAAGGAAAAAGGAGGTAAAGAGGATAATGTTTCAATGTCCATTAATCTTGGATGAGAAAACAAATTTTATAGTCGGAGTCAAGGGTTACACTATGTATACCCATGAAAAAGCTGGAGTCAGGTATAAACTTGTTTATGAGCATGAAGATATCAGACAAGAAGCATATTCAAAAAGAAAATTTTTAAATCCTATAACAGGAGAAGACGTTACTGGTAAAACTGTCAAGGTTTATCCTTATGGTGACCTCGATATCAATCTATCAGATAGTCAAGATCAGATAGTAATGGAGGCTTATACTCAAAAAGATGCGTTTTTGAAGATTATTGGGTTCCGTTCATCGAGCAAATCGATACACTATTTCAATAACATAGACAAAAGTTCGTTTATCGTACCAGATGAAGCAAAATATGAAGGTTCGATAAGAACCTTGGCTTCTTTATTAAAAATTTTGAGAAAAAAAGATAAAATTGCAATATTATGGGGGAAGCTTAAATCAAA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    DBVPG6763_Unknown        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    SK1_USA                  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    S288c_California         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    Y55_France               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    DBVPG6044_West_Africa    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    YPS128_Pennsylvania      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    N17_Russia               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    T21_4_UK                 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    DBVPG6037_California     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    NBRC10990_Japan          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    NBRC1803_Japan           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    NBRC10996_Japan          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 
    UFRJ50816_Brazil         -------------------------------TAAACGATTCAGAATGGTTTGTGGAAAGAATTAAAGGTGAGGGAAATTGTCTCGTCTCATTTTTACCGATGTCATCTTCAAACACAGATTTGATGACTGTCTTAGTTTCCTTGAAGCACCTAGTACCCAATGTCTTCAAACTCACACAAACTCAACTAACACAGCAATGTCAAAGCCAAGGTTTCACTGATAGTATGTCATTGAATCGAATTAAACTAAAATTAATGGACATTCTACAATCTCCTCAAGAAATTAACCAAGTTGAATTGGTAGATTCAAATTTGAATTTTAGTTTCGACGTATCTGCGGAAATTACCGTTTCTATAAATAGTGTACCTTCTGATGTTACTAAGGATACGCGCTTTACGATTTTGCAGAGTCTGTGTATGCTTTTATTAAAATTGATAAACATCTCTTCCCAGTATCAATATATACAACGGGATATCCTAAACGAAAAGCAAAAGTGTCTAGATTTTCTCTTGAGGTCTCTTGGTGATTTAGATGGGGGAAGTAAAATTATCGATCAATGGGCTCCTGAAAATTCTAAGAATTGTGAATCTCTGCGGCCAAGCACGGATGATCATATAATGAAAACACTAATGCATAAGGGAAAATTCCAGCATCTAGAATTAACAGCCGACTCACTGAAAGCATTGTTATCTTCAAAGCAGAATTTTCAAGCAGTATCTGGGCTTGAGGAGTTTGCAGAATCGAACAAAAAAGAGTGTGCCGAAATTCTTGCAGTGAATGATCTTTCTAATGATGATT---TTGAACTGCAGGTAGGCCCTACAGATGAGGCTCAACGAAATAT---TTTCTATGAAATTAGCCC-----AAAGGCA-GATTCTAAGACAACCCCCATAGAAAGTGGTGCTAATTCGCAACGTTACCTGCAGGATATTGTTGAACTTGAGTCTACGTCTCCAGAAAGAACAAAGTCGACTTCTTCC---TCGGTGCAAGAAT--------------------------------------------------ATGAGAAGC---------TTAT------------ATGAGTTCATCCAAGACAAGCTTAACATTGATTTAGAGACCTCCACTATTTACCAGGAGAATTTCAAATGTGGTCAGTTCAATGGCCTTGATGAAATTCTAATTACGTGTTTCATACTACAAAATTCGAGAAAAGTAGCATTGCCATGCCTTCCTGGTGACTTAAGTCACAAAGCAGTCATTGACCACTGCATTATTTACCTTTTGACTGGTGGATTTTACAATAACGTACTAACATTTGGCTATAAAATAGCTAGAAATGAAGATGTCGACAATAGCCTTTTTTGTCACTCTGCAAATGTTAACGTTACATTATTGAAAGGCGTCGCTTGGGAGATGTTCCACAGTTTGATCGGTACAACTGCGTTCGTTGATTTATTGATAAATTATACAGTAATTCAATTCAACGGCCAGTTTTTCACTCAAATCGTGGGTAATAGGTGTAACGAACCTCATTTACCGCCCAAATGGGCCCAAAGAACGTCATCATCATCTGACACTACTGCACAAATCAAACAATTGATGGCACCAGTGACAAATAAGCCATTCCTACACAGGCTCAAAATAAATTCTCCCTCTTTTTTTCCTTATGGCAAGATTCTTCCCTTATCATCATCCTTTAAAAAGCTAGCTGACGTAAGAGAAACTATTTTCCCCATAAATTTGGTTAAAATTCCTCAAAGACTAAAGGTACGAATTAATTTGACGCTGCAAAAACTGTTAAATAGACACAAACGTTTAAATTATGTTTCCATTTTGAATAGTATCTGCTCACCATTGGAAGAAAACGTATCGAATTTGTCGCATTTGAGCAGACAATCACCAAAGGAACAAGTCTTGAGATTTATAATTGTCATTTTACAGAAATTATTACCCCAAGAGATGTTTGGTTCCAAGAAAAATAAATGCAAAATAATCAAGAATCTAAATCTTCTATTAAATTTACCCTTAAATGGCTATTTACCTTTCGACAGTTTGTTGAAAAAGTTAAGATTAAAGGACTTTCGGTGGTTGTTGGTTTCTGATGTTTCGTTTACTAAGCAGAACTTTGAAAATTTGAATCAATTGGTGACCTGTTTCATTTCCTGGCTATTTAGACATTTATTCCCCAAAATTATACAAACTTTTTTTTATTGCACCGAAATATCTTCTACAGTGACAATTGTTTACTTTAGACATGATATTTGGAATAAACTTGTCACCCCTTTCCTTGCAGGATATTTTAAGAAATACTTGGTTGAAAACAATGTATGTAGAAACCATAATAGTTATACGTTGTCTAATTTCAATCATAGCAAAATGAGGATTATACCAAAAAAAAGTAATAATGAATTCAGGATTATCGCCATCCCATGCGGAGGGGCAGACGATGAAGAATTTGTGATTTATAAGGAAAATCACAAAAATGCTGTAGCACCTACTCAAAAAGTCCTAGAATACCTAAGGAACAAAAGGCAGACTAGTTTTACTAAAATTTATTCTCCAATGCAAATAGCCGACCGCATCAAAGAATTTAAACAGAGCCTTTTAAAGAAATTTAATAATGTCTTACCAGAACTATACTTCATGAAGTTTGATGTCAAATCATGTTATGACTCAATACCAAGAATGGAGTGTATGAGAATACTCAAGGAGGCATTAAAAAGTGAGAATGGTTTTTTTGTCAGATCGCAATCTTTTTTCAACACCAATACAGGTGTCTTAAAGTTGGTCAATGTAGTAAATGCTAGCAGAGTACCAAAATCTTATGAACTATACATAGATAATGTGAGAACAATTCATTTATCGAATCAGGATGTTATAAACGTTGTAGAAATGGAAATATTTAAAACAGCCTTGTGGGTCGAAGATAAGTGCTACTTGAGAGAAGATGGACTCTTTCAAGGTTCTAGTTTGTCTGCACCGATTGTTGATCTGATGTATGACGATCTTTTAGAGTTTTATGGCGAGTTCAAGACCCGTCCTAACCAGGATACATTAATTTTAAGATTGGCGGACGATTTCCTCATAATATCAACAGACCAGCAACAAATAATAAATATCAAAAATCTTGCCTTGGGCGGATTTCAGAAATACAATGCTAAAGCCAATGAAGACAAGATTTTGGCTGTAAGCTCCCACTCGGATGATGATACAGTTATTCAATTCTGTGCAATGCACATATTCGTTAAAAAATTGGAGGTCTGGAAACATTCAAGCACGATGAATAATTTCAATATCCGTTCAAGTTCAAGCAAGAGAATATTCCGAAGTTTAATAGCACTGTTTAACACTAGAATCTCCTACAAAACAATTGATTCTAATTTGAATTCAACAACCACCGTTCTCATGCAAATTCATCATGTCGTGAAGAACATTTCTGAAGGTTATAAATCTGCCTTTAAGGATCTATCAATAAACGATACGGAAAGTATGCAATTTTCTTCGTTCTTACTACGTATAATTGAAATGACAGTAGATGCTTGTCCAATTACAAAATGCGATTCTTTAATAGAGTATGAAGTACGATTCGCCATATTGAATGGATTTTTGGAAAGCCTCTCTTCAAATGCATCAAAATTCAAAAAAAATATTATTCTTTTGAAAAAGGAAATTCAACATCTTCAACCACATATATATATATA------------------GATGCAATCAATCAATAATGCCTTTGGCAGTAATGGTGAACCTAACGATCAAATGGATGAAACGAATTATAAAAAGTTTGATATTCATGAAGGAATTTTGTTTTGCATTGAACTATCAGAAACAATGTTTAAAGAATCATCCGAACTAGATTATAAATCGCCATTATTGGAAATTCTAGAGTCACTAGATGAGTTGATGTCACAATTGGTCATAACGAGACCTGGGACGGCTATTGGTTGCTATTTTTATTACTGTAATAGAGAAGATGCCAAGCAAGGTATCTATGAATTATTTCCATTAAGAGATATAAATGCTGAGTTTATGAAGATATTAAATGATCTTTTAGAGGATTTATCAACTGGGCGAATAAGCCTGTATGACTATTTCAACTTCCAACAAACTGGGGATGAAAAGCGGCTGCCCTTATCCACACTATTCACATTCATGCTCGACACTTTTTTGCAAGACATTCCCGGCCAAAAGCAATTAAGCAACAAGAGAGTGTTCTTATTCACTGACATTGATAAGCCACAGGAAGCACAAGATACCGATGAACGGGCAAGGTTGAGGAGGCTCGCAATTGATTTATTTGACAATAAAGTAAATTTTGCAACGTTTTTCATCGGCTATGCCAATAAACCATTTGACAACGAATTTTATTCAGATATCTTACAGTTAGGATCTGGTATAAATAAAAATATGGGTTTGAATTCTGAATTTGATGGTCCAAACACAAAGCCCATAGATGCCAGATATATCAAATCCAGGATCTTAAGAAAAAAAGAGGTAAAAAGAATAATGTTTCAATGTCCATTGATATTTGATGAGAAAGCAAATTTCATCATCGGAATCAAAGGTTACACTATGTATACCCATGAAAAAGCTGGAGTCAGGTATAAACTAGTGTATGAGCATGAAGATATCAGGCAAGAGGCATATTCCAAAAGAAAGTTTTTACATCCTATGACGGGAGAAGACGTTAGTGATAATACAGTTAAAGTTTATCCTTATGGTGATCTCGATATCAATTTATCAGATAATCAGGACCAGATTGTCATGGAGGCTTATACTCAAAAAGATGCGTTTTTGAGGATTATTGGGTTCCGCTCCTCGAACAAATCGATACACTATTTCAATAACATAGACAAAAGTTCATTCATTGTCCCCGATGAGGCAAAATATGAAGGCTCGATAAGGACCTTGGCTTCTTTATTAAAAACCCTAAGAAAAAAAGATAAAATTGCAATGCTATGGGGAAAACTTAAATCCAA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 
    ;
[End of the DATA block]
END;


[Beginning of the MRBAYES block. All text within this block (except comments) are treated as potential commands, just as if they where typed on the command line.]
BEGIN MRBAYES;

[Don't ask if we want to continue after the run has stopped, and don't ask if it's OK to overwrite files. ]
[    Set autoclose=yes nowarn=yes;]

[* Define the outgroup (one taxon)]
    Outgroup NRRLY969_Unknown;

[* Define a number of character sets. Can be used later.]
    Charset NEJ1 = 1-1074;
    Charset EST2 = 1075-3769;
    Charset HDF1 = 3770-5538;
    Charset HDF2 = 5539-7428;

[* Define a number of taxa sets. Can be used later.]
    Taxset s1=1-9;
    Taxset s2=10-14;
    Taxset s3=15-17;
    Taxset s4=18;
    Taxset s5=19-21;
    Taxset s6=22;

[* Define one way of partitioning the data. Can be used later.]
    Partition currentPartition = 4: NEJ1, EST2, HDF1, HDF2;

[The rest of the commands are specific settings for a particular run of the MCMC]

[* Set a partitioning schema for the following MCMC, using the predefined partitioning schema]
[    Set partition = currentPartition;]

[* Specify the likelihood part of the model]
    [F81, the default model]
    Lset nst=1 rates=equal;
    [GTR+G]
[    Lset applyto=(1) nst=6 rates=gamma;]
    [HKY]
[    Lset applyto=(2) nst=2 rates=equal;]
    [GTR]
[    Lset applyto=(3) nst=6 rates=equal;]
    [HKY+G]
[    Lset applyto=(4) nst=2 rates=gamma;]

[* Specify the prior for the model parameters]
    Prset statefreqpr=Dirichlet(1,1,1,1);
    [Enable the site-specific model. Should be combined with the unlink command.]
[    Prset applyto=(all) ratepr=variable;]

[* Allow the parameters to be partition specific, by unlinking them from each other.]
[    Unlink shape=(all) statefreq=(all) tratio=(all) revmat=(all) pinvar=(all); ]
[    Unlink shape=(all) statefreq=(all) tratio=(all) revmat=(all) pinvar=(all) brlens=(all) topology=(all); ]

[* Specify the settings for the MCMC]
    [Specify number of MCMC generations, how often to print to screen, and how often to print (i.e., "sample") to file.]
    Mcmcp ngen=10000 printfreq=100 samplefreq=100;
    [Specify the Metropolis coupling (MCMCMC), i.e., the number of parallel chains within the same run, and the heating temperature. nchains > 1 enables the MC^3.]
    Mcmcp nchains=1 temp=0.2;
    [Specify how many parallel runs to start. nruns > 1 will automatically enable Convergence diagnostics.]
    Mcmcp nruns=1;
    [Run two parallel runs and use a stoprule based on the average SD of split frequencies]
[    Mcmcp ngen=20000000 printfreq=1000 nruns=2 mcmcdiagn=yes diagnfreq=10000 minpartfreq=0.50 relburnin=yes burninfrac=0.25 stoprule=yes stopval=0.01;]

[* Start the MCMC]
[    Mcmc;]

[* Quit the program]
[    Quit;]

[End of the MRBAYES block]
END;