#nexus [! This file was obtained by editing Laura Kubatko's 'data_snakes.phy' (which already contained Nexus elements below the data matrix, but was a relaxed Phylip file at the top. ] begin data; dimensions ntax=52 nchar=8466; format datatype=dna gap=-; matrix ac1OUTG1 ATGCCACAGCTAGACATCGTACACATCCTCACTATTTACATGTGAACCTGAGTAACCCTTACCTTAATTACACTAAAAATTAAAAATCTCACATTAACTGCCAAACCAAAAAAACAGCCCCAACTAACCTCCAAACAAACAACACTACCCACACCATGAACATAAACATATTCGAACAATTCATAAGCCCAGAGCTCGCCCTCCTCCCAACAGCACCCCTATCAATTCTAATTCCTCTTTTCCTGATCCACCACAAACCTACACTTTTAGGAAACCGTATAACAACCGCCATCACTTGATTCCTGAAAATATTTATATTGAACATGACAAATCAACTTACCCCAAAAGGACAAAAATGATCCCCCCTATTAGCCAGCCTTATCCTCATTATTCTACTGTCCAACCTCCTAAGTCTTCTACCATATACCTTCACACCAACCTCCCAACTATCAATAAACATAGCCCTAGCCCTTCCCCTCTGACTAGCCACCATTATCACCGGCCTAAAAAACAAGTTTTCCCTAGCACTAGCCCACCTACTCCCAGAAGGCTCCCCAACCCCCCTAATCCCATTTATGATCTTAATTGAAACAGTTAGCCTACTAATACGACCTATCGCACTAGGAGTGCGACTCACAGCAAATATCACTGCCGGACATCTCCTTATGATCTAGATGGGAGGAGAGAGAGAGAG--CCGTGAAGATCTTGGCCAACAGAAGGCCCCATCAACACCATGCGCAGAAAACACCACTGAAAAAATCTAACACATGCTGGACAGATACAAACCTTAATTGCAGGTGTTAAGGCAAGCCACACCCTTTCCGTAGTGGGCAAA-TTTCAGTTTTACAATTTTAAGAAAACATGAT?????TTTATTTGAAAGAGCAGATAAAAACCTTTCCAGATCCAGCAAGAGAAGATTCAGATCAGAAAAGAAAATCCTGCAGAGCTGGGGGAATAAAAGGAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAAA-GATGAACAAAGAGAATGAAAAGATTGCAAAGTATCCTTTTGGTAGGCAGGAGAAGAAAACAAAAAAGTATAGAGGCGAAATGCTGGGCAGGTTTGCAAGGGACCACACACAAATACACACCTGAGTCATCTTCTCTCTGTTGGCCTTGGGGTTCAGGGGGGCTTCTGTCAACAACACGGGATGCTCTTCCGGGGCGACTTCCTTACTGAGTGAGCACCCATCGAAAGCAGGCAAAGCACTGAGAACAATTTACTTGCAGAAATCTGTTTCCTGTCACATAAACATATTCTCTCATAGAATTCAAGCAATGATTCCCCAATCCAGCAAACCATCACTTGTACTGTTTCACAGCACTCAAGAACCTGAGGGCTGGGGCTGATGGGAGCAGGAGCATAATACTTCATGATGTTGCAGTATGTACTTCTTGACTTACAACCGCAATTGGGACTGGAACCTCTGTTGCTAAATTAAGCAGTTGGTAAATAAGACGTGGCCAATTTTACAACTTTTTTCCCCCATGGTTTTTAAGTGAATCACCCCAGTTGTTAAGTCAACCATACAGTTGTTTGAATGAAGCACACCGTTATTAAGTGAATCTGGCTTTCTCCATTGACTTTGCCAGTCAGAGCATAATATAACTAAAATCAATCAATCCGAATAAAGCTGGAAGAGACATTAGAGGTCCTCTAGTACAGCCCCCTGCTCAAGCAGGAGAACCTATACCATTTCAGATAAGTAACTGTCTAGTCCAGACATGTCAAACTCGCAACGTCACGCACGCACAAACTCGCAACTCGTGACGTCACGCAACGTATCGGAGCTTTTTTGCCATTGCCAGCAATGGGGTGAGCGCAGCTCTGGTATGAGGAAACCAGCCCGCATTTTGTCAAGCTGATCTCCTGGTAAGAGATGAAAAGGGGTAGATGATGGCTGTTAGTTGGGCTTATTGGATTTGGGAAGAGATGG-AGGTGCAACCTTTACTATTCTGCAGAATAGCAGAGGTGGGAGTATGTGGCAGCAAGAAATGGCTTCATGCTGCTCTTTTTACTGCTGCTATCTTTTCC--------AAAAGAAACTTTTCTTTCCTAGGTATGATAATGAATATGGATACAGCAACCGTGTTGTGGACTTGAGTGGCGGCGTTTGGTCTCGCGGAGCTCCTGTGGACAGCGGGGCAGCGGGTGAGCAGGGCATCCCAGGACTGGCAAGAAGGMACAACTCCCCCCAACCGTGACCTGCCCCCTCCAGCCCCAACCCACTGCCCCCGTGATCCAGCAGCCCCAGCTCCTCTGTGGGGAGATGTGGGGAGAAAAGGCCGCCCAGTGCATGAATTGGGCTGACTGCCTGTCCCAAGGCAGGGTGGCGAGTTCCGTCTCCCAGCCCATGGAGACCGACTCTCTGTGGTTTAGGTTCTGGTGATTACGATGGTTCTGTAGTTACTGAAATGGCGTGAAACGTGAAGCGTAAAGTTC?????CTTTTTTCTCGCTGTGTCTGTTTTCTAACTTTTGTTTTTTCTGTATTTTTATTTTACAATGAAACTTAATAATAAAATTTATTTTAGAAAAGGAA----TTTACTCTCTCTAGGGCCGATGGGTGGGTGTTTTATGGAGGGGGACCCAAATTCAAGGAGGAATTCCTGGCTATGAGAGCTATGAAACAACAGAGTCACTTTTCAAGCCAAGGCGGTGTCGGATTCCTACCCTAAAGGGGTTGGACTAGGTGACTTCTAAGGGACCCTTCTGCATTCTGGGACTCACCTCGCTGTAGATGTTCTTCTGGAAGTCCAGCTCCTCCTTCAGGGTCTGCAGCCTATTTACTGTAGACACAATATTCCTAGAGAGAATTTGCAGATATATTAGGTAATCTTAAAAGCTTCAAATAAAGCCAACCTAGATCAACCCTGACTGCTCTTTAGAAGGCCAGATCCTGAAGTTGAAACTCAATTACTTTGGCCACCTAATGAGAAGGAAGGACTCACTGGAGAAGAGCCTAATGCTGGGAAAGATTGAGGGCAATAGAAGAAGGGGACGACAGAGAA-TGAGGTGGCTGGATGGAGTCACTGAAGCAGTAGGCTTGAGCTTAAATGGACTCCAGAAGATGGTAGAGGACAGGAAGGCCTGGAGGAACGTCGTCCATGGGGTCGAGATGGGTCAGACATGACTTCGCAACTAACAA---CACCAAAAACT-ATTACAACAGTAACTATGTGAGCACTAGTTACAAGCCACAATACCCGTCAAAATCTAAACTAAAAAAACTCAGAGACATCAAATAAATTTTAAACAACTGAAAGAAAGTATTTTTAAATCCAACTTAATGCATTGGCGTTCTGAATAAATGCCTGCAAAGAACCTGTTTT?????GCCAAGCATTCAACATAGCAACATATGCTACTGAAACACAGCCATTTGACAGCATGAACTCAGAACGCAGGTTGCCCACCTTGCTCTAAAAAAATAGCAATATAAAATTCCCTCTTAAAAAGTACCATCATT-AAAAGTACAGGATCTGTGAGCAGAGGAGAACCTGCACTTACTGGAGCTGCGGTACAATCCCGGAGCTTTCGGAAGCAGGGGTGGCAGGCGTTATAGGAGTCATGGGAGCTCGTGTCCAGAACATGAAAAGACCCCCAAACTGGGTGTCCCCAGGCAACGGTGGTATCCCTGCTAATTCCTTCAACCCGGAAGCACCTCGGTGCTTCTGAGATGAGCACAGTGCAACGGTAGCACRGTCAAGCTTTGAGAAGAAAAGTTGGTGGCTA-TTGCAGTCTAGGGCAGAGGTCTCCAAACTTGGCAATTTAAGGACTTGTGGACTTCAACTCCCAGAATTCCTCAGCCAGCCTCATCCCACCGGGGAATTCTGGGAGTTG-AAGTCCAGAAAGTTTTCAAAGTTTGGGGGGATGTGAGCTCAGATGACATCAAGCCAGGAATCTCATGAAGCTGCTCACACACAATATCATCACAACAGCTGGAGAGTCAGATGATAAGACACCATTTCCAAGCCCTCAAACTTTGCTACTAGAGAGAAGAGCAGAATAAAGAAGCTCAATGAGGCTCCTTCCCAAGCAAGGGAGGAACTAACTTAATTAAAGTTAGCTGACTGCAGCCTGATTTAAGATGCCACTTTTTTGTTTTGCTCTTAAGTTGATCGACGGTCTGCTTGAGACAACTGTGCTGCTCTTTCATCCGTTGTTTGTCTCTTGAATTCCTGGGTCTGAAGGTCAAAGGCATCTCTCAGCTGCTTAACCTGAAGATGGAGACCATCACTGGCCGCCGAGAGATAGCCCAGGGATATTCACTGTAGGGCCGTTTTTTCCCTGTTGCTGACCTGTCTGAAGAAATGGAGAGACACAGTCACATCCTCCCTCCGTTCAGGGGCCTTCTGATTGGGC-AATTGTGAACCTCCTGGCCTGTGACTTTTGATAGTTCTGACTTTACTAACCCAGATTTAAGGAAAAGTAAAGGATAATAGTAACTGGGTTTTCCCGCAACAACACAACAGATATCCACACAAATTTTGTATCGTAAAAGTTTTGTTGCTTTCCCCCCAGTCATCACAATGATGAGCTTTTAATCTGTATTTTAGTAAGTGCTAAATACACATAAACTCACATCAAGTTCTTGCTTAGATTCAACAATTTCAAACAAAAGTCTTTTAATCAGTGTAGTCAGTTTTGCCATCTCAGCGAATTCTATCAAATTCACTATCTTTCAATGCAGGAATTTGTAAGACTTTCCATCTGTGTTCATGCGAAAGTCTCGCTGCTGTTGTCATATAAGGAAACAAAATCCCATGTTTTCTTTCAATCTATTCATCTGTCAAGCCTAATTTTACTCAAAGCACAAAATAAATGTTGCAAGATTGGTGTTGCTTTTTTAAAAGGAAGTATGCACTAATGCTCTGAAATATAATCTGCAAACTATGTTTAGAAGGTCAAGCAACTGGCACAACTAGTGAGGAATTCCAATTATCTCTCACTTACTTAACCCC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sca39PENN1 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sced150CO1 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ATGCCACAACTAGACACTGTCCACATTCTTACAGTCTATCTATGAACCTGATTAACCATTATCTTAACTATACTAAAAATTAAGACCTTCACAATAATTACTAAGCCAAAAAATAGCCCCAACCGTCACCCAAAACCAACAACAACCCCACTACCATGAACATAAACATATTTGAACAATTCATAAGCCCAGAACTGCTTTTCATCCCCACAACACCTTTATCAATCATAATTCCATATCTTATGGTCCACCAAAAACCTAAACTACTAGGAAACCGCATAACAACTGCCACTACAAAACTCCTAAAAATTTTTATATTAAACATAACAAGCCAACTTTCCCCAAAAGGACAAAAATGATTACCCCTATTAACCAGCCTTATTCTTATTCTTCTACTGTCCAACCTACTTAGTCTATTACCATATACTTTTACTACCACCTCACAATTATCAATAAACATAGCCTTAGCTCTTCCCCTATGACTAGCCACTATTATTATTGGCATAAAAGACAAATTTTCTATGACATTAGCCCACTTACTGCCAGAAAGCTCCCCAACCCCACTAATCCCATTTATAGTGTTAATCGAAACGACCAGTCAGCTAATACGCCCTATTGCCTTAGGGGTACGACTCACAGCCAACATCACAGCTGGCCACCTCCTTATGATCTAGATGGGAGG----AGAGAGAGGGCCGTGAAGATCGTGGCCAACAGAAGGCCCCATCAACACCATGCGCAGAAAACACCACTGGAAAAATCTAACACATGCTGGACAGATACAAACCTTCATTGCAGGTGTTAAGGCAAACCACACCCTTTCCGTATTGGGCAAATTTTCAGTTTTACAATTTTAAGAAAACATAAG?????TTTATTTGAAAGAGCAGATAAAAACCTTTCCAGATCCAGCAAGAGAAGATTCAGATCAGAAAAGAAAATCCTGCAGAGCTGGGGGAATAAAAGGAAGAAAGGAAGGAAGAAAAAAA-GATGAACAAAGAGAATGAAAAGATTGCAAAGTATCCTTTTTGTAGGCAGGAGAAGAAAGCAAAAAAGTATAGAGGCGAAATGCTGGGCAGGTTTGCAAGGGACCACACGCAAATACACACCTGAGTCATCTTCTCTCTGTTGGCCTTGGGGTTCAGGGGGGCTTCTGTCAACAACACGGGATGCTCTTCCGGGGCAACTTCCTTACTGAGTGAGCACCCATCGAAAGCAGGCAAAGCACTGAGAACAATTTGCTTGCAGAAATCTGTTTCCTGTCACATAAACATATTCTCTCATAGAATTCAAGCAATGATTCCCCAATCCAGCAAACCATCACTTGTACTGTTTCACAGCACTCAAGAACCCAAGGGCTGGGGCTGATGGGAGCAGGAGCATAATACTTCATGATGTTGGAGTATGTACTTCTTGACTTACAACCGCAATTGGGAATGGAACCTCTGTTGCTAAATGAAACAGTTGTTAAATAAGACGTGGCCAATTTTACAACTTTTTTTCCCCATGGTTTTTAAGTGAATCACCCCAGTTGTTAAGTCAACCATACAGTTGTCTGAACGAAGCACACCATTATTAAGTGAATCTGGCTTTCTCCATTGACTTTGCCAGTCAGAGCATAATATAACTAAAATCAATCAATCTGAATAAAGCTGGAAGAGACATTAGGGGTCCTCTAGTACAGCCCCCTGCTCAAGCAGAAGAACTTATACCATTTCAGACAAGTGACTGTCTAGTCCAGACATGTCAAACTCGCAACGTCACG---------------------TGACGTCGCACAACGTATCGGAGCTTTTTTGCCATTGTCAGCAATGGGGTGGGCACGGCTCCAGTATAATGAAACCGGCCTGCATTTTGTCAAGCTGATCTCCTGGTAAGAGATGAAAAGGGGTAGATGATGGCTGTTAGTTGG-CTTATTGGATTTGGGAAGAGATGG-AGGTGCAACCTTTACTATTCTGCYGGRTAGCAGAGGTGGGAGTATGTGGCGGCAAGAAATGACTTCATGCCGCTCTTTTTATTGCTGCTAT--TTTCCTCAAGACTAAAAGAAACTTTTCTTTCATAGGTACGATAATGAATATGGATACAGCAACCGTGTTGTGGACTTGAGTGGCGCCGTTTGGTCTCGCGGAGCTCCTGCGGGCAGCGGGGCAGCGGGTGAGCAGGGCATCCCAGGACTGGCAAGAAGACACAACTCCCTCCAACCGTGACCTGCCCCCTCCAGCCCCAACCCACTGCCCCCGTGATCCAGCAGCCCCAGCTCCTCTGTGGGGAGATGTGGGGCGAAAAGGCCACCCAGTGCATGAATTGGGCTGACTGCCT---------------------------------GCCCATGGAGACCGACTCTCTGTGGTTTAGGTTCTGGTGATTAGGATGGTTCTGTGGTTACTGAAATGGCGTGAAACGTGAAGCGTAAAGCTC?????CTTTTTTCTCTCTGTGTCTGTTTTCTAACTTTTGTTTTTTCTGTATTTTTATTTTACAATGAAACTTAATAATAAAATTTATTTTAGAAAAGGAAGGAATTTACTCTCTCTAGGGCCGATGGGTGGGTGTTTTATGGAGGGGGACCCAAACTCAAGGAGGAATTCCTGGCTATGAGAACTATGAAACAGCAGAGTCACTTTTCAAGCCAAGGGGGTGTCGGATTCCTACTCTAAAGGGGTTGGACTAGGTCACCTCTAAGGGACCCTTCTGCATTCTGGAACTCACCTCGCTGTAGATGTTCTTCTGGAAGTCCAGCTCCTCCTTCAGGGTCTGCAGCCTATTTACTGTAGACACTATATTCCTAGAGAGAATTTGCAGATATATTAGGTCATCTTAAAAGCTTTAAATAAAGCCACCCTATATCAACCCTGACTGCTTTTTAGAAGGCCAGATCCTGAAGTTGAAACTCAATTACTTTGGCCACCTAATGAGAAAGAAGGACTCACTGGAGAAGGGCCTAATGCTGGTAAAGATTGAGGGCAATAGAAGAAGGGGATGGCAGAGAAA-GAGGTGGCTGGATGGAGTCACTGAAACAGTAGGCGTGAGCTTAAATGGACTCCAGAAGATGGTAGAGGACAGGAAGGCCTGGAGGAACGTCGTCCATGGGGTCGAGATGGGTCAGACACGACTTCGCAACTAACAATAACAACAAAAACTTATTACAACAGTA----TGTGAGCACTAGTTACAAGCCACAATACTCGTCAAAATCTAAACTAAAAAACCTCAGAGACATCAAATAAATTTTAAAAAACTGAAAGAAAGTAATTTTAAATCCAACTTAATGCATTGGCGTTCTGAATAAATGCCTGCAAAGAACCTGTTTT?????GCCAAGCATTCAACATAGCAACATATGCTACTGAAACATAGCCATTTGACAGCATGAACTCAGAACGCAGGTTGCCCACCTTGCTCTAAAAAAATAGCAATATAAAATTCCCCCTTAAAAAGTACCATCATTTAAAAGTACAGGATCTGTTAGCAGAGTAGAACCTGCACTTACTGGAGCTGCGGTACAATCCCGGAGCTTTCCGAAGCAGGGGTGGCAGGCGTTATAGGAGTCATGGGAGCTCGTGCTGGGAACATAAAAAGAGCCCCAAACTGGGTGTCCCCGGGCAACGGTGGTACCCCTGCTAATTCCTTCAACCCGGAAGCGCCTCGGCGCTTCTGAGACGAGCACAGTGCAACGGTAGCACGGTCAAGCTTTGAGAAGAAAAGTCGGTGGCTGTTTGCCGTCT-------------CCAAACTTAGCAATTTAAGGGCTTGTGGACTTCAACTCCCAGAATTCCTTAGCCAGCCTCGTCCCGCCGGAGAATTCTGGGCGTTGGAAGTCCAGAAGGTTTTCAAAGTTTTGGGGGATGTGAGCTCAGGCGACATCAAGCCAGGAATCTCATGAAGCTGCTCACCCACAATATCATCACAACAGCTGGAGAATCAGATGATAAGACACCATTTCCAAGCCCTCAGACTTTGCTACTAGAGAGGAGAGCAGAATAAAGAAGCTCAATGAGGCTCCTTCCCAAACAAGGGAGGAACTAACTTAATTAAAGTTAGCTGACTGCAGCCTGATTTAAGATGCCACTTTTTTGTTGTGCTCTTTAGTTGATCGACCATCTTCTTGAGGCAAGTGTGCTGCTCTTTCATCCATTGTTTGTCTCTTGAATTCCTGGGTCTGAAGGTCAAAGGCATCTCTTGACTGCTTAACC--------------ATCACTGGCCACTGAGAGATAGCCCAGGGATATTCACTTTAGGGCCGTTTCTTCCCTGTTGCTGACCTGTCTGAAGAAATGGAGAGACACAGTCACATCCTCCCTCCGTTCAGGGGCCTTCTGACTGGGCAAATTGTGAACCTC-TGGGTTGTGACTTTTGATAGTTCCGACTTTACTAACCCAGATTTAAGGAAAGGTAAAGGATAATAGTAACTGGGTTTTCCCGCAACGACACAACAGATATCCACACAAATTTTGTATCGTAAAAGTTTTGTTGCTTTCCCCC--GTCATCACAATGATGAGCTTTTAATCTGTATTTTACTAAGTGCTAAATACACATAAACTCACATCAAGTTCTTGCTTAGATTCAACAATTACAAGGAAAAGTCTTTTAATCAGTGTAGTCAGTTTTGCCATCTCAGTGAATTCTATCAAATTCACTATCTTTCAATGCAGGAATTTGTAAGACTTTGCATCTGTGTTCATGCGAAAGTCTCACTGCTGCTGTCATATAAGGAAACAAAATTCCATGTTTTCTTTCAATCTATTCATCTGTCAAGCCTAACTTTACTCAAAGCACAAAATAAATGTTGCAAGACTACTGTTGCTTTTTTAAAAGTAAGTGTGCACTAATGCTCTGAAATATAATCTGCAAACTATGTTTAGAAGGTCAAGCAACTGGCACAACTAGTGAGGAATTCCAATTATCTCTCACTTACTTAACCCCTTGACAGGGCTAATCCAACTTCTTGCATCTGCCAATACAATTTGTTTATAAAGATATCCACTTAAATGCATACCTTTTCCAATCAACTTATAACCTTATTACGTTCACTGAATACAATGACATAGCTATGTAACAATTACCTTTCTAGTTATACTTCTCCAATACTCCCCCCATGCATTTACTTAATTTCTTTTTTAGGTCTACAAAATCCACTCTATGCAATTTGTCATAACTATAGTACATTAAGATAAAATGCCAAATAAGGTTTCATCAGCAAAACTAAAATTTTATTCTTCAAACATTCCATCAACAACAAGGTCTTACAGGTAATGGCTTTCAAAATCACTTGGCAGATTCTTTAACTCTTAGTTTTTAAATGTCTGCTTTTTACTTTGCGTATATAGCAGCTTTGGATATAAAAGTAAAAACTTTCTTTTTCTAATAAAATTGCTCCAGTTGTCAGCTTTGTACAGTGGTGGATTGGTGGAATCTTCGAATTGGGAAATAAGGTTTCAGGATTAGACTTAACTTTGACATGCATTTTTAGACTGCTCAGAAAAACATGAGTACCAAGGACCCCAGTATGGGGGTCCTTGGTGCTCTCTCTACTTGGTTGTTTCATTACCCAAGCTAGGTAACATCATCAGTGCTAATAAGGAGTGGAGTTTACTCTCAGATTATATTCTAGTGCAGGGGGCTCCAACCCCCGGTCCGTGGACCAGTACTAGGCTGCAGCATGCCATTAACCGGTCCACATAAACAAAGCCCCATCCATGGGAAGCA---------------------CTCTCCGGTCCACAGAAAAATCTTTCTCCATAGAATTGGTCCCTGGTGCCCAAAAGGTTGGGGACCTCTGTTCTAGTGACTTGTCCTGCCAGCATGGATAGGAATGGTCTCGGAGGTTCTTTGGATGGGTTGTTTACTATTAGCTTCTTTGGCAGTTCATTGATTGGCGTATGTTATTTACTTCTTGATGTTAAACTTGCTATTAATCTATGCTTATCTGGATATTGACTGCTGTTGAGGAGGTATTTGGGGGATTTGTTATTCCCTTTTTGGCTTGCTGATTATCTCCTTTGCACCATATGTAGATGTTGTCTATGCCTGTGTGTCTGTCCTACTGCTGTGACACACATAACAAAAATAATAGAAACATTCTAGTTTTGGCTTCTTTGATTTGAGATGTTGCACTTTTAAATATCTGTATTTCCCATTAAGTTGGATTCATTTAATATTTACTGTGCCTGAAACCTTCTTAAACC-CAAACAAAGCAATGTGATGTATTGCTTTAACATAATTTTTATATATGGAATAGCAAATTCAGAAACAGTTATATTTTATCCAGATAAGGTTACTTTTTTTAATTGATTTAGCTGCTCTAGGAGATCAGTTGTCCCCAAAATGAATACTAGATACTCATAATTTTACTTTTTGGCTACCCTTTATAATCTTTTCCAGATAGAAAAGCAACACTATACACCTCTAATGGAGAGCTAGAATGGTAATGGTATTGGATTAAAATCAAACAGACTGAGATTCAAGTCCAT----------------------CTCAACCATG---------------GT-------AACTCA---------------------------CTAGATAAATTTCAATCAGTCACTTTTTCACAACCTAATTTGTTCCATACATGGAACGGAGGAAAGAATACTTTTCATCCCATCATGAGTTCCCACAGGAAAAATGGGATAAAAATTGGAGAAATCATATGAATTTCAGTAATGAATTTCACTGAGTTCAACAGAGCTTATTCATAAGGAACTATCGGAAAAAAAATTACCCCCAAATCCTCTGTAGGAGGATGATTTGCAAATATATTTCAAAAACGTTTTGCAGGTGCTATATAAAACTATAAAGTTAAATTTGGAGCCACACTAAAAAACAGCAGGTTGTTGCTTGAGCGAGCAAAAGAACTTGATTTACATATTATTGGAGTCAGGTAAGTAAAAAAAAA-----ATGGAAAGATGCTCCTATTTCTTTCTGTTAGCTTCATTTTAAAAATGGCTAAACTCTACCCAATTTTCCCCCCAAGTTTCCATGTTGGAAGTGGATGTACAGATCCTGAGTCTTTTGTGCAAGCCATTTCTGATGCACGTTGCGTTTTCGATATGGGGGTAAGTACAATCTAAGCACTTATCTAATTTATTTGAGCATTAATAAGATTCTTGGGAAGTTTCTACTTCATTGTTGAATGCAAAGTATTAAAATATAATTAGTATTCTTTATGAATCAATTAGACTGATATCTTGAATTAGTTAAATATCTTGTTTAAAACAACAATTTTTATAATTGCTTAGTTAACAAGTCCTTTTGGTATTTATGGAGGCATTGGTACACAAAGGTAATAAAATTGACTGGTGCCTTAGGAACATTATTGTGTTGATGGCATCGGGCTCCCAGCGTCCTGTCTGGACGTTGAGATGGAGAACCAGTTTTCCACAAAACATGGCCACTTGGGGGGTCCCCAGGGTGGGCCCAAGGGATGCCCCTATTCCCTGAAAGCACAAAAAGAGGGGGAAA-GATTAGTCGACATGTCTGGCAAAATGCCAAGCAGATTATGGCTGGGATAGGACCACAGCCAAGGTGACATTCATGGGGCATCATCTGTCACGCAAGGTTCTTCCACTT-AGCAAATTCCCCCTGTCTTCATCTAATGATTTCACGTATTTCACTTTCACTGTATGCTTTTATCTATTTTTCAAAAGGTTGCAAGGTTTACTCAAGTGTGCTGTCTATTTTTGTCTGTATAATGCATATGACTGTACTTTTTTGATAGCTTCTTGGCAAGAAACAAAACATAGTTGAGACACAGTTCTATAGCAAAATCACTGAATATGACTTTGCCTTAATTAAATGGAATTTAGGCTAGAAGACCACAATGACAGCACTAATATTTAGAGCAGCCTTTCTCAATCTTTCTTCAGGGTTTTTGCTCCCCAGTAAATCTGTCTTTTATTTAACACACATTGACACTAGGACTGAAACCAGATATTTTATAACTTACCCTAAAAGGCAAGAATTCTATAAATTCCTAGCATCTCTCATCATTAGCTGAATCGAGTCTGATATCCAAAACATCTGGAGGGCACTCCCTTATCTCTTGTAAGTTCTGAAAGCTATACAAGGATAACATACATTGGGGATTTGTGGAAGCACAGGAATTAAATATTGCTCTCTGTAACAGCAATTTAGAGAAGCAGTTACATTTCTTCTTGTCATTCCAGTTGCCTTTACACTGAACTCTGGTTGAAATGATTCTTGTTGAATACAGCAAATATTGATTGGGTTGTTTGACCCTAAGGTTGACAGAAGCCAGCAGATAGTGGTTACAGCTCTTCATCCGGTAGCGCTTATCGCTTGTAAACCCAAAAGGGGTTTTTTGCACT ; end; begin mrbayes; set autoclose=yes nowarn=yes; outgroup 1; charset ATP = 1-665; charset CBA = 666-1190; charset CL11 = 1191-1610; charset CL51A = 1611-1870; charset GAPD = 1871-2130; charset LAM = 2131-2814; charset TBP = 2815-3610; charset aclone = 3611-3906; charset cl1f = 3907-4126; charset cl25 = 4127-4388; charset cl31 = 4389-4644; charset cl61 = 4645-4838; charset ef = 4839-5285; charset est2a1 = 5286-6134; charset fgb = 6135-6932; charset od = 6933-7454; charset ausnp4 = 7455-7721; charset cl41 = 7722-7995; charset cl63 = 7996-8466; partition bylocus = 19:ATP,CBA,CL11,CL51A,GAPD,LAM,TBP,aclone,cl1f,cl25,cl31,cl61,ef,est2a1,fgb,od,ausnp4,cl41,cl63; set partition = bylocus; taxset Scat=5-22; taxset Sced=23-30; taxset Scter=31-40; taxset Smi=43-48; taxset Smc=41-42; taxset Sms=49-52; taxset Ac=1-4; lset applyto=(all) nst=2 rates=propinv; lset applyto=(1) ploidy=haploid; prset thetapr=invgamma(3,0.003) GeneMuPr=uniform(0.5,1.5) BEST=1 propTemp=0.1; unlink topology=(all) brlens=(all) genemu=(all) shape=(all) Statefreq=(all) tratio=(all) revmat=(all) pinvar=(all) ; mcmcp ngen= 500000000 nruns=2 printfreq=100000 samplefreq=100000 nchains=8 diagnfreq=100000; mcmc; end; begin sets; charpartition loci = ATP:1-665, CBA:666-1190, CL11:1191-1610, CL51A:1611-1870, GAPD:1871-2130, LAM:2131-2814, TBP:2815-3610, aclone:3611-3906, cl1f:3907-4126, cl25:4127-4388, cl31:4389-4644, cl61:4645-4838, ef:4839-5285, est2a1:5286-6134, fgb:6135-6932, od:6933-7454, ausnp4:7455-7721, cl41:7722-7995, cl63:7996-8466; end; [ The taxpartition defined below assigns each of the snake samples to the appropriate species. ] begin sets; taxpartition snakespecies = Agkistrodon : 1-4, S.c._catenatus : 5-22, S.c._edwardsii : 23-30, S.c._tergeminus : 31-40, S.m._miliarius : 41-42, S.m._barbouri : 43-48, S.m._streckeri : 49-52; end; begin paup; outgroup snakespecies.Agkistrodon; set outroot=monophyl; taxcolor green snakespecies.S.c._catenatus; [taxcolor (1 .7 1) snakespecies.S.c._catenatus;] taxcolor dkgreen snakespecies.S.m._miliarius; taxcolor turquoise snakespecies.S.m._barbouri; taxcolor orange snakespecies.S.m._streckeri; taxcolor red snakespecies.S.c._edwardsii; taxcolor blue snakespecies.S.c._tergeminus; taxcolor black snakespecies.Agkistrodon; end;